国宝「中空土偶」を常設展示する登録博物館として2011年10月1日にオープンしました。
館内では函館市内の遺跡から見つかった土器や石器など約1,200 点を展示するほか、ミニチュア土器づくりなどいつでも楽しみながら縄文文化を学べる体験講座も実施しています。

大船遺跡は縄文時代中期を中心とした大規模な集落跡で、その重要性から平成13年8月には国の史跡に指定されました。現在遺跡では竪穴住居や盛土遺構を復元展示し、縄文の風景を体感することができます。
遺跡に離接している展示館では南茅部地域の縄文遺跡のほか、世界遺産を目指す「北海道・北東北の縄文遺跡群」についてパネルで紹介しています。